大石寺违约丢弃遗骨被令赔偿200万日币
有关日莲正宗大石寺非法丢弃大量遗骨事件，最高法院第二小法庭于2003年12月19日驳回大石寺的上诉，确认了同年4月8日东京高等法院的判决，命大石寺向四名受害遗族分别赔偿五十万日币，总计二百万日币。
收纳遗骨的真相
此案件的原告分别是神奈川县的金村光夫、大阪的大工中男、福冈县的(木尾)田彻和爱媛县的仲矢美纪。四名原告以及他们的家人，是由1968年至1977年的期间，将已故亲人的骨灰，寄存在日莲正宗总本山大石寺的大纳骨堂的。在身为日莲正宗信徒的原告看来，此举是对死者挚爱的表现。
虽说大石寺有所谓“合葬”的制度，即把多人的骨灰瓮安放在同一个地方，但事情的真相却与之大违。大石寺所实施的“合葬”，竟然是将多名死者的骨灰混杂在一起，塞进使用过的旧米袋。或许是出于多年遭潮湿空气侵蚀与互相挤压的缘故，其中有一些米袋已经破裂，而且还露出内装的白骨。此外，大石寺还将装满了骨灰的150至200个米袋埋在寺院境内的一块空地。
事实在东京高等法院的审判中逐一地被证实。宗门虽承认“装袋”和“掩埋”属实，但却一味抵赖，力说这是符合宗门教义的正当行为。然而，法院宣判“大石寺提出的证据不能信用”，全面否定了宗门方面的主张。 判决把大石寺处理遗骨的方法和其他宗派作比较，所得到的结论是，大石寺的做法与国民的宗教观和一般社会的常识背道而驰。法院最终断定大石寺的纳骨方法，有违与原告缔结的纳骨合约，构成了“不履行(合约上的)义务”，命令大石寺向原告赔偿总计二百万日币。
向最高法院上诉
大石寺不服此判决，向最高法院提出上诉，却于2003年12月19日遭最高法院驳回。
装满遗骨的米袋